北京昌平县医院的前身“昌平县大众医药社”于1946年在长陵乡上口村成立，1948年12月12日随县政府迁至昌平县城。1949年3月“昌平县大众医药社”改称为“昌平县卫生院”。1956年“昌平县卫生院”改称为“昌平区卫生院”，同年秋后迁至昌平镇和平街4号（现在院址）。1957年12月27日“昌平县卫生院”升为“昌平区医院”，1960年1月，“昌平区医院”改称为“昌平县医院”。