温州市中医院创建于1923年，医院前身是由工商界开明人士蔡冠夫、陈子明、陶履臣等人筹款创办的“专以施医施药救济贫病者为宗旨”的医疗慈善机构——永嘉募办普安施医施药局。
经过近百年的发展，医院现系国家三级甲等中医医院，全国“文明单位”、省级“平安医院”、“绿色医院”，承担浙南地区中医医疗、教学、科研、培训、养生、保健等任务，具有较高的学术水平和良好的社会声誉。医院现有职工1600余人，总占地面积112.77亩，建筑面积13.39万平方米，拥有六虹桥、景山、水心、大士门、怡福共五个院区,总开放床位超过1400张。2015年11月，组建成立温州市中医医疗集团，其中下属紧密型专科医院：文成县中医院、洞头区中医院；2018年3月，全面托管泰顺县中医院。医院各大院区的功能定位为：六虹桥院区以综合医疗服务为主；水心院区定位为中西医结合妇产科医院；景山院区、怡福院区定位为康复中心；大士门院区与上海复星集团合作建立温州老年病医院。
2004年医院成为浙江中医学院、温州医学院和江西中医学院的教学医院，2008年成为浙江中医药大学附属医院，2015年成为福建中医药大学附属医院。2007年被列为浙江省中医药攀登工程名院建设单位，中医妇科、肾病科、肝病科被列为名科建设对象。医院学科地区辐射性强，现有国家级重点专科4个——中医妇科、肾病科、康复科、神志病科；省中医重点学(专)科9个——中医妇科、肾病科、中西医结合老年康复科、肝病科、针推康复科、脑病科、脾胃病科（消化科）、骨伤科、护理学；市级重点学科群4个——老年病学科群、康复医学学科群、心脑血管学科群、骨伤学科群；市级重点学科8个——心脑血管科、康复科、骨伤科、中西医结合乳腺病科、中西医结合消化内科、中西医结合肿瘤内科、针灸推拿科、检验科。保持了在地区中医药发展建设中的领先地位。
六虹桥院区
六虹桥院区位于六虹桥蛟尾路9号，分为一期和二期工程，总开放床位946张。一期占地面积23亩，建筑面积6.48万平方米，2015年4月正式开诊。二期占地面积17.26亩，建筑面积3.03万平方米，于2017年10月底投入使用。该院区服务范围向西延伸，拥有先进的诊疗设备，完善的中西医结合临床服务，坚持以中医特色为主，中西医结合的发展方向，享有良好的群众口碑,是医院的核心院区。
景山院区
景山院区位于温州景山公园内，占地面积41.5亩，建筑面积1.1万平方米，前身为温州市气功疗养院，1999年整体并入我院，2000年与中国康复研究中心共同创建了“中国康复研究中心温州分中心”，长期接受中国康复研究中心的业务指导与技术培训，是浙江省内规模较大，科室配置齐全,设备精良、技术力量较雄厚的综合性康复中心之一。
水心院区
水心院区位于市区锦绣路，占地面积21亩，建筑面积1.09万平方米。2013年1月1日，我院兼并温州市第八人民医院后组建水心院区，开创了我市中医医院兼并综合性医院的先河，在医疗资源整合的道路上迈出了跨越式的一步。2015年9月，中医妇科门诊和病房整体搬迁至水心院区，并将住院床位扩张至128张。未来水心院区将打造成为中西医结合妇产科医院，为呵护女性健康服务。
大士门院区
大士门院区坐落于温州市区风景秀丽的松台山麓、九山湖畔，占地面积10亩，建筑面积1.58万平方米。医院于1971年从百里西路迁入大士门27号，迎来了发展的重要时期，医院业务不断拓展，组织结构逐步完善，在整体规模、医疗质量、服务功能、学科建设、人才队伍等方面都取得了长足的进展。2015年4月医院搬迁至六虹桥院区，大士门院区与上海复星医院投资（集团）有限公司合作创建“温州老年病医院”，以中医老年病特色为主要发展方向。
怡福院区
2017年4月，根据国家中管局《关于促进中医药健康养老服务发展的实施意见》中关于“要求二级以上中医院与养老机构合作，发展医养结合”的精神，为满足广大群众的就医和养老需求，我院与景山怡福山庄合作开展医养结合项目，2017年11月增设执业地点，开设病区及门诊，分流景山院区住院病人，同时也为怡福山庄的养老对象提供养生保健、健康管理、慢病诊疗、康复护理、急救转诊等方面的优质服务。