福州市妇幼保健所成立于1953年4月，1995年更名为福州市妇幼保健院，历经3次搬迁。新院现址位于仓山区福湾路130号（毗邻海峡奥体中心），作为福州市“十三五”医疗卫生重点项目及“民生补短板”重点推进项目于2020年顺利竣工并正式投入使用。新院建设按三甲标准1000张床位规模规划，首期业务用房计99000㎡，建设床位500张，荣获全国妇幼保健机构优秀建设项目建筑设计、布局流程、装修装饰三项全优，并入选国家卫生健康委妇幼司优秀建设项目图集。2020年8月医院经审批为三级妇幼保健院，先期开放300张床位，配置满足医疗保健业务需求的先进高端设备，包括CT、MRI、百级手术室、DSA手术室、数字胃肠机、LDR分娩、高端实时四维彩超、断层乳腺摄影系统、高清内窥镜系统、PCR实验室、全自动发药系统、先进的检验检测设备（系统）等，营造安全、有效、便捷、温馨的就诊环境。
医院长期以保健及公共卫生工作为主，根据《福州市妇女发展纲要（2011-2020年）》和《福州市儿童发展纲要（2011-2020年）》要求，认真落实妇幼保健工作任务和指标，负责全市妇幼卫生工作的督导及信息监测、孕产妇及围产儿死亡监测评审、负责辖区产科工作质量检查及督导、托幼园所卫生保健工作督导等各项公卫任务；做好全市预防艾滋病、梅毒和乙肝母婴传播项目管理及出生缺陷的防控；积极配合上级行政部门组织开展考核督导及业务培训，不断提升妇幼保健服务水平，完成“十三五”期间的两纲要求及妇幼建设目标任务。
医院以妇幼健康为中心，保健与临床相结合为宗旨，努力构建“大专科小综合强保健”的医疗服务模式。医院设置妇科、产科、妇女保健科、计划生育科、儿科、儿童保健科、中西医结合科、乳腺科、外科、内科、口腔科、耳鼻喉科、眼科、中医科、营养科、皮肤科等科室，开设儿童生长发育门诊（体弱儿门诊、矮小儿门诊、肥胖门诊、神经心理发育门诊）、儿童孤独症谱系障碍诊疗干预门诊、中医治未病门诊、更年期门诊、口腔舒适化门诊等特色门诊及不孕症及慢性盆腔痛多学科一站式诊疗，常规开展妇幼相关专业诊疗及三、四级手术等临床医疗。医院围绕妇幼保健工作特点，开展快乐（LDR）分娩、无痛人流、口腔舒适化诊疗等优势项目，突出以无痛诊疗操作、妇幼颜值管理、中医+妇幼保健为特色，健全完善妇女儿童健康全周期、全过程服务链条。
医院现为中国妇幼保健协会母胎医学分会副主任委员单位；中华医学会妇产科分会妊娠高血压疾病学组委员单位；全国卫生产业企业管理协会盆底重建术培训基地；福建省医学会计划生育分会、福建省中西医结合妇产科分会、福建省优生优育与妇幼保健协会妇科内分泌专业委员会副主任委员单位；福建省医学会妇产科分会、围产医学分会、遗传医学分会、科普分会常委单位；福州市医学会围产医学分会主任委员单位；福州市计划生育中心、福州市高危孕产妇管理中心、福州市儿童牙病防治中心挂靠单位。2020年10月，医院牵头联合福州市第二医院、福州市中医院、福清市医院以及市辖六区、六县（市）妇幼保健院共同组建闽江妇幼专科联盟，逐步建立“上下联动、分级诊疗、资源共享，互利共赢”的医疗保健服务新模式，致力为福州及周边地区妇女儿童提供更高质量、更专业的医疗保健服务。