安溪县中医院于1985年经福建省卫生厅闽卫中〔1985〕129号文批准成立，由2名人员在安溪县城厢卫生院挂牌筹建。1986年底，租用县农械厂临街库房开设门诊部。1991年搬至后垵。1995年县委、县政府决定县中医院与第三医院实行二块牌子一套班子联合办公，编制床位60张，人员53人。1997年6月，县委、县政府根据区域卫生规划的要求，决定县中医院与县第三医院分离，搬至原县医院院址。现址地处安溪县城繁华的八三一路段，是安溪县政治、文化、经济的中心。得天独厚的地理位置，加上技术力量不断提高，设备不断增添，中医院得到飞速发展，是发展史上的一个重要里程碑。1999年业务总收入854万元，比1996年增长291%。
安溪县中医院占地面积6466平方米，建筑面积7364平方米，是一所集医疗、科研、教学、康复、保健为一体的综合性中医院。医院设有办公室、医务科、护理部、门诊部、财务科、总务科、人事科、设备科、信息科、监控室等10个职能科室；设有内儿科、外骨科、针灸科(小儿脑瘫、推拿、理疗、康复)、急诊科、皮肤科、美容室、五官科、妇产科等10个临床科室；设有检验科、放射科、药剂科、功能检查科、供应室等5个医技科室。院长王清良、副院长谢昆成、王英明、黄海松，党支部副书记李成枝。全院职工133人，中级职称以上34人，其中副主任医师5人。
安溪县中医院编制床位100张，实际开放100张。1999年全院住院病人2768人，门诊病人68288人次，住院病人治愈率、好转率97.25%，死亡率0.36%，病床使用率68.36%，平均住院日6.98天。
安溪县中医院拥有WD—ESWL91体外震波碎石机、美国进口GEB超机、500MAX光机、全自动血球计数仪、半自动生化分析仪、尿液分析仪、美国进口酶标仪、心电监护仪、麻醉机、呼吸机、全电脑控制腰椎牵引床、微波综合治疗机、双眼高倍手术显微镜、白癜风表皮移植机、光疗机等先进的医疗设备。能开展胸腔、腹部、泌尿、创伤、肿瘤与五官科、妇产科一些常见病等手术，以及心脑血管、呼吸、消化、内分泌等疾病的诊断、抢救、治疗。应用中医中药、中西医结合辨证施治一些疑难病症，取得显著的疗效。针灸科、小儿脑瘫专科、皮肤科是医院的特色专科。精湛的技术、良好的服务态度吸引着国内和新加坡、香港、台湾、日本等地病人前来就诊。
安溪县中医院坚持“管理治院，科教兴院，特色强院”的办院宗旨。1998年至1999年发表国家级论文18篇，省级论文42篇，参加各种学术交流52篇，获县科技进步奖1项，省医药卫生科技进步三等奖1项，开展新技术、新项目58项。1999年11月4日通过等级医院评审，达到二级甲等医院标准。1997年至1998年被县委、县政府授予“文明单位”、政法综治先进集体；1998年至1999年被评为县卫生系统先进单位；2019年通过三级中医院评审。