厦门市儿童医院（复旦大学附属儿科医院厦门分院）系厦门市卫生健康委员会管理的全民事业单位，是厦门市委、市政府重大民生工程项目，建设发展目标是建成集医疗、教学、科研、预防保健为一体的国内一流、省内领先的三级甲等儿童专科医院。医院由复旦大学附属儿科医院负责管理，秉承“一切为了孩子”的服务理念，努力为儿童提供安全、有效、方便、价廉的医疗卫生服务。
　　医院位于厦门市湖里区宜宾路92-98号，建筑面积7.39万平方米。在复旦大学附属儿科医院的引领下，医院于2014年6月1日开业，目前已顺利开满编制床位500张，开设24小时急诊、新生儿医学中心、儿童重症医学中心、心血管中心、儿童保健中心、康复医学中心、内镜中心等41个临床医技科室和新生儿疑难病诊治中心、儿童疑难病诊治中心、创伤医疗中心、出生缺陷防治中心、微创中心等学科群；已获批厦门市新生儿疾病重点实验室和厦门市新生儿质控中心，同时也是先天性心脏病筛查项目管理办公室挂靠单位、先天性结构畸形救助项目定点医疗机构、全国儿童恶性肿瘤（实体肿瘤）诊疗协作组牵头单位、罕见病诊疗协作网医院、新生儿神经重症医学专项技术教学培训基地。各项业务均平稳快速发展，已基本达到三级甲等儿童医院的规模和学科水平。
　　厦门市儿童医院有复旦大学附属儿科医院黄国英名医工作室、周文浩名医工作室、郑珊名医工作室，和曹云教授、董岿然教授、黄瑛教授三位特聘主任，以及25位相关专业学科带头人担任的学术主任。医院海纳国内外儿科领域的10多名专家任学科带头人，技术力量雄厚。复旦大学附属儿科医院对厦门分院实行品牌、管理和技术的平移。由复旦大学附属儿科医院托管的厦门市儿童医院已成为福建省有重要影响力的儿童专科医院。
　　医院硬件设备达到国际一流水平，配有先进的洁净手术室，3.0T西门子静音磁共振、64排飞利浦微平板CT、GE等高端彩色多普勒超声诊断系统、24小时动态脑电图、电子胃镜、肠镜、3D腹腔镜、德国布鲁克微生物质谱仪、串联质谱仪、DSA（X线血管造影机）、ECMO、体外循环机等先进诊疗设备。
　　医院各项高难度业务服务相继开展，如：PICU能开展塔尖技术体外膜肺（ECMO），内镜中心开展小儿胃镜肠镜技术，新生儿外科开展食道闭锁、膈疝及肺叶切除等微创手术，小儿神经外科开展早产儿高难度手术，NICU开展呼吸支持治疗、换血技术和亚低温治疗、NO吸入、CRRT等技术,其中如先天性食道闭锁的腔镜手术、胆道手术、早产儿救治都达到了国内一流水平。心血管中心已成功开展新生儿、小婴儿先天性心脏病手术，目前医院已建成先心病筛查、诊断、治疗及随访的一体化体系。新生儿医学中心、儿童重症医学中心开通24小时院前转运，已接受厦门市及周边地区45家医院（包括三级医院）转诊危重症患儿5000多名，至今成功率100%。
　　2019年8月，厦门市卫生健康委员会与复旦大学附属儿科医院在上海签订了第二轮（2019年-2025年）托管协议，以建设国家区域医疗中心（儿科）为战略目标。