云南省中医医院始建于1947年，是全国建设历史较长的省级中医医院之一，为大型综合性三级甲等中医医院，是云南省和昆明市城镇职工和城镇居民的医疗保险的定点医疗机构和医疗保险转诊的定点医疗机构，从2009年1月起，成为全云南省第一批新农合定点医疗机构之一。现有职工1054人，其中各类专业技术人员896人，有主任医师(教授)58人、副主任医师（副教授）159人、中级职称人员339人、初级职称人员340人，有博士学位、硕士学位人员近60人，有云南省名中医和荣誉名中医22人，有硕士生导师71人。编制病床500张，医疗设备总值6000万元，固定资产总值1.9651亿元，业务收入2007年为1.45亿元。有29个临床医技科室，13个临床教研室，1个投资2000余万元、占地4300平方米、能生产15个剂型89个院内中药制剂的现代化的中药制剂中心及1个建筑面积1600平方米、投资260万元建成的临床技能综合模拟实验中心等，在昆明市区内设有9个专科门诊部。有磁共振（MR）、螺旋CT、大型数字X线机、彩超、全自动生化分析仪等大型现代化的医疗设备。有建成和再建的国家中管局重点专科3个、国家中管局男科病证治规范重点研究研究室1个、省级重点专科（专病）22个，有中医内科学、针灸学2个省级重点学科，有云南省中医药防治艾滋病临床研究中心、中医内科研究中心、中西医结合男科研究中心3个省级研究中心和中医风湿病、中医脑病2个省级研究室，有8个省级中医名科、8个硕士研究生学位授予点，有国家级协建重点专科5个。系国家药物临床试验机构（基地）及国家中药现代化科技产业（云南）基地中药新药GCP中心、国家中医药国际合作基地、国家中西医结合传染病临床（云南）基地建设单位、国家中西医结合急诊临床（云南）基地建设单位、国家接收外籍学员开展中医非学历教育的进修学习单位等。应用中医药治疗艾滋病、病毒性肝炎、心脑血管病、恶性肿瘤、风湿免疫疾病、男性疾病、椎体疾病等重大疾病、疑难病、急危重症及常见病多发病取得了明显成效。具有独立申报国家自然科学基金项目资格，主持有国家“863”计划重大科技专项、国家自然科学基金、国家科技支撑计划、国家科技攻关计划、云南省科技计划、云南省自然科学基金等科研项目，具有开展中医临床研究工作的技术条件。目前承担中医医疗、教学、科研、康复、干部保健和指导全省中医医疗与护理等工作。全年门诊人次63.39万，年出院人数1.0365万人。
　　云南省中医院又是云南中医学院第一附属医院、云南中医学院临床医学院，实行“院院合一”的管理体制，承担着硕士研究生、本科生、专科生、成人教育等不同层次的理论和临床教学工作。是云南省唯一的一所省级三级甲等中医医院，为全省中医临床医疗、教学、科研和医疗康复保健的指导中心和重要基地。现有各级各类科研项目300多项，其中，国家级课题13项、省部级课题44项，这些课题多数为与新药研究有关的项目，如6类新药“前列冲剂”、“振雄展势丹”和“脑血清胶囊”等研究获国家“863”计划及省科技计划项目重点资助进行开发研究。
　　云南省中医院对外交流与合作工作取得长足发展，历年来到医院参观、访问、进修、学习的外籍人员络绎不绝。从1996年至今年共接收了600多名国外、海外学者的中医进修培训，接待了来自欧、美、东南亚、非洲及港澳台同胞等20多个国家及地区的元首、专家学者2250人次到医院参观、访问。
　　云南省中医院还是集云南省90所中医院为一体的云南省中医医疗集团总医院，搭建起了全省中医药技术合作、经济发展和服务平台，对顺利开展中医临床研究工作十分有利。