福州市第二医院始建于1866年，是福州市属医疗机构中历史最为悠久的百年老院，前身为英国皇家海军、英国领事馆合办的“海港医馆”，1887年易名为“塔亭医院”，1956年3月定名为“福州市第二医院”，1984年经福建省人民政府批准，增挂“福建省福州中西医结合医院”，为全国第一批中西医结合三级甲等医院，2012年4月正式成为厦门大学附属医院。2016年、2017年连续进入“中国省会市属医院•竞争力排行榜100强医院”“中国中医医院•竞争力排行榜100强医院”。骨伤科、康复科、急诊科（含重症医学科）获评“2018中国中医医院.最佳临床型专科”。
医院是以骨科为龙头，集医疗、科研、教学、预防、康复为一体的中西医结合三级甲等医院，占地面积26146平方米，建筑面积80335平方米，现有开放床位数1521张，设有31个临床科室，15个医技科室。医院年门急诊病人近150万人次，年收治住院病人5万余人次，开展各类手术近3万台，医疗业务量占据福州市13所公立医疗机构医疗业务总量的三分之一。医院现有职工1933人，其中卫技人员1751人，博士、硕士240人，高级职称专家223人。全院共有180余人担任全国和省市级各学术团体委员、常委、副主任委员、主任委员职务，11名专家受聘为厦门大学医学院教授、副教授，7名专业人员受聘为助理教授，4名专业人员受聘为助教，32名受聘为福建中医药大学硕士生导师。
秉承着“强专科、大综合”的发展理念，全院上下努力建设中西医结合医院，走特色专科品牌和全面综合发展道路，现有国家级中西医结合重点专科2个（骨伤科、重症医学科），省级中医类重点专科5个（神经外科、康复科、心血管内科、骨伤科、急诊科），省级西医类临床重点专科2个（骨科、康复科），福州市中西医结合重点专科11个（呼吸与危重症医学科、肝胆内科、肾内科、内分泌科、儿科、重症医学科、肿瘤科、消化内科、神经内科、神经外科、心血管内科），福州市临床重点专科2个（骨科、康复科）。骨科为全省床位最多、专业分类最细的专科，设有创伤外科、关节外科、运动医学科、脊柱外科、综合骨科、小儿骨科、手外科、骨病骨肿瘤科、骨质疏松病、传统骨科等13个病区，床位数达550余张，形成了以四肢复杂骨折处理、髋膝肩肘关节置换、脊柱退变性疾病规范化与微创化诊疗、足踝部严重畸形矫正、中医药诊疗、骨科快速康复为代表的临床特色诊疗技术。市二医院已成为海峡西岸三甲综合性医院中接诊治疗骨科病人最多、规模最大的医院，骨科年门诊量、急诊量、住院病人总数、手术总数均位居华东地区乃至全国前列。“看骨科找二院”成了老百姓的口头禅，骨科品牌也成为福州医疗界的一张烫金名片。
医院学术团体众多，拥有福建省中西医结合学会，福建省中西医结合学会急诊医学分会、急诊分会、检验分会、脊柱医学分会、康复分会、神经外科分会，福州市中西医结合学会，福州市中西医结合学会呼吸内科分会、心血管内科分会、神经内科分会，福州市医学会骨科分会、急救分会、神经内科分会、麻醉分会、风湿病分会、检验学分会、疼痛学分会；福州市骨科研究所、福州市中西医结合研究所；福建省新生儿救护分中心、福州市急救中心、福州市骨伤康复中心、福州市临床检验中心、福州市急诊质量控制中心、福州市血液透析质量控制中心、福州市护理质量控制中心、福州市产科质量质控中心、福州市放射诊断质量控制中心、福州市临床用药质量控制中心、福州市麻醉质控中心、福州市脑卒中质控中心、福州市重症医学质控中心、福州市医学装备管理质量控制中心、福州市人工关节置换质量控制中心、福州市康复治疗质量控制中心、福州市糖尿病医疗质量控制中心等37个省、市级医疗学术科研机构。医院为福建医科大学、泉州医学高等专科学校、福建卫生职业技术学院教学医院；福建中医药大学骨伤博士、硕士研究生及中西医结合临床医学硕士研究生培养基地；福建省骨科、内科、外科、儿科、急诊科、神经内科、康复医学、妇产科、麻醉科、全科住院医师规范化培训基地；国家级中医住院医师规范化培训基地；国家级住院医师规范化培训基地协同单位；全国“创伤与急诊麻醉培训基地”。
近年来，医院大力实施科技兴院战略，依托厦门大学等高校的科研平台，积极推进临床学科的研究，实现了科研立项多、学术论文多、推广应用新技术新项目多、国家级自然科学基金项目有新的突破。
医院以深化医药卫生体制改革为契机，狠抓医疗质量，不断提升医疗服务水平，荣获了“金砖国家领导人第九次会晤筹备和服务保障工作先进集体”“全国首届青运会组织筹办先进集体”“全国感染横断面调查先进单位”“全国卫生系统先进集体”“福建省级文明单位”“福建省卫计系统先进集体”“福建省流感监测先进单位”“福建省感染横断面调查先进单位”“福州市政府双拥工作先进单位”“福州市计划生育先进单位”“福州市诚信医疗示范单位”“福州市热心公益事业茉莉花银质奖”“福州市文明单位”等荣誉称号。