江西省胸科医院始建于1950年，是由江西省结核病防治所、江西省肺科医院转型发展而来（1992年增挂“江西省肺科医院”牌子，实行两块牌子一套人员；2004年2月更名为“江西省胸科医院”，同年9月增挂“江西省第三人民医院”牌子）；是全省唯一一所集医疗、预防、教学、科研为一体的以治疗胸部疾病为主的“三级甲等”专科医院。是南昌大学医学院和江西中医药大学的教学医院和研究生培养定点医院。
医院还承担了全省结核病及其他传染病的定点收治任务，是江西省突发公共卫生事件医疗救治中心；承担了全省社区卫生技术工作的指导、培训任务，为江西省社区卫生技术指导中心。2014年2月11日，经省卫生厅批准获得尘肺病诊断机构资格，成为江西省唯一获得该资质的三级甲等医院。
医院于2020年6月份被确立为江西省感染性疾病临床研究中心；2020年9月确立为国家感染性疾病临床中心江西分中心；2021年3月获批江西省结核病专业质量控制中心。2021年8月江西省卫健委批复医院为南昌医学院直属第三附属医院。
2020年9月份正式获批为江西省公共卫生临床中心。按照“医防一体、平战结合、防治融合”的原则，“平时”承担全省感染性疾病诊疗、患者症状监测、疾病防治管理与健康宣教、公共卫生与应急管理、医疗物资储备、教育培训等公益事业职能；“战时”转化为重大疫情防控救治基地，担负全省公共卫生事件应急救治职能。
2021年8月获批南昌医学院第三附属医院，促进医教研全方位发展。
医院分两个院区：叠山路院区和红谷滩院区，医院占地面积94.91亩，建筑面积3.7665万平方米，医疗用房3.1万平方米。设有胸外科、心血管内科、呼吸内科、肿瘤科、结核科、神经内科等临床医技科室30个，职能科室23个，其中有1个院士工作站，3个省医学领先学科，1个省医学领先建设学科，1个国家卫计委呼吸内镜培训基地，1个国家中医药管理局重点研究室，一个省医学会主委单位（结核病分会），5个研究型医院主委单位（神经感染与神经免疫学分会、介入呼吸病学分会、胸部微创外科学分会、肿瘤分会、江西省保健学会肺血管介入学分会）。编制床位1000张，开放病床800张；现有在职职工711人，其中正副教授、正副主任医师120名，医学博士7名，医学硕士80余名，硕士生导师9名。江西省卫生系统高层次学术学科带头人1名，省卫生厅学术技术带头人培养对象15名。配备依柯达高能直线加速器、64排全身螺旋CT扫描机、直接数字化X线摄影机、大型数字减影C型臂、史塞克电子高清胸腔镜、电子支气管镜、史托斯硬质支气管镜、多功能进口麻醉呼吸机、杜邦和日立全自动生化仪、血气分折仪、DNA扩增仪、细菌快速培养仪、彩色超声诊断仪、肺功能仪、呼吸睡眠监测仪等先进设备。
2021年获批开工的南昌九望新城新院区建设，总占地面积约为268亩，总投资25亿，设置床位1950张，将全面定位以“江西省第三人民医院为主，江西省公共卫生临床中心为辅的”平台建设，增设覆盖内、外学科近15个新型临床科室，利用3年左右时间建成主院区的门急诊大楼、医技大楼、综合住院大楼、科研实验大楼、行政综合及配套设施部分工程；同时以重点学科建设同步进行，利用5年左右时间将扶持重点学科专项突破，开启了“强专科、优综合”的特色发展新蓝图。
医院坚持“科技兴院”的理念，近年来获省级科技成果奖13项，获国内先进水平的科研成果32项，填补省内空白16项，医学专著4部。胸外科、呼吸内镜介入科、结核内科是江西省医学领先学科，肿瘤学科是江西省医学领先建设学科。呼吸科、心血管科、神经危重症学科是医院重点建设学科。胸腔镜微创外科手术、气管支气管镜微创介入手术达国内先进水平，难治性肺结核及耐多药肺结核病人的治疗技术处于省内领先水平。医院内镜中心2008年被卫生部授予“国家卫生部呼吸内镜培训基地”，2017年10月被中国医师协会内镜分会授予江西唯一、全国首批40家呼吸内镜培训基地之一。2019年1月呼吸与危重症医学科通过国家PCCM规范化建设项目诊室评审，为三级达标单位；介入呼吸病学入选首批单修基地。2019年11月牵头成立了江西省呼吸介入专科医联体，面向全国进行内镜医师培训，年平均开展气管、支气管介入手术1万例次，支气管镜检查例数居全省之首。医院率先引进开展了“大容量全肺灌洗术”，为广大尘肺患者带来福音，省内外尘肺患者慕名而来，满意而归。
医院不断深化医改举措，加强科学管理，提高医疗质量水平。2017年8月牵头组建了江西省结核病专科医联体，2017年9月加入了上海肺科医院专科联盟、北京胸科医院创新联盟及中日医院呼吸专科医联体间质性肺疾病协作组，充分优化资源配置，形成上下联动、优势互补、资源共享的运行机制；作为中华社会救助基金会“大爱清尘”基金定点医院，全力承担起江西地区尘肺病患者的医疗救治工作；2017年12月与中国工程院廖万清院士签署成立致病真菌临床医学研究院士工作站，2019年11月正式挂牌“廖万清院士团队工作室”，建立疑难真菌感染性疾病诊疗体系，共同提高为百姓健康服务的水平。2018年6月通过省卫计委专家评审，授予“第三周期医院评审三级甲等医院”称号。
医院以“厚德、仁爱、专邃、为先”为院训，坚持以“患者第一、质量第一、服务第一”为宗旨，以精湛的技术、良好的医德竭诚为广大人民群众提供优质的医疗保健服务。近年来，先后荣获“江西省省级文明单位”、“江西省群众满意医院”、“江西省卫生系统行风建设优良单位”、“厅直卫生系统社会治安综合治理目标管理先进单位”“全国百姓放心示范医院”等称号。