清华大学医院是一所二级综合医院，总建筑面积9351.40m2，位于风景秀丽的清华园内。现有职工203人，其中主任医师9人、副主任医师60人。医院共有床位130张，设内科、外科、急诊科、妇产科、儿科、传染科、中医科（包括针灸、按摩、理疗等）、口腔科、眼科、耳鼻喉科、放射科、药剂科、检验科、功能科等近二十个临床和医技科室，除普通门诊外，还开设20个专家门诊。清华大学医院是北京市医保定点机构，承担着校内近6万名师生员工及家属的医疗保健工作，并对外服务。全年门急诊量达46.63万人次，住院698人次。(数据统计截至2012年12月31日）。
医院拥有荷兰Philips6排螺旋CT机、美国GEX线摄影XR／A、PrestigeII多功能数字胃肠系统造影机、富士SmartCRXG-1、干式打印机、PACS信息获取与传输系统、日本XT-1800I全自动血液分析仪、日本全自动尿沉渣分析仪、美国GE运动平板心电系统、美国Delmar动态心电图检测系统、德国MOBIL公司的24小时动态血压监测系统、美国ATL、GE彩色超声诊断仪、德国西门子B超机、德国罗氏全自动生化免疫分析仪、日本奥林巴斯电子胃肠镜、中央心电监护系统等一批先进设备。
2002年在学校领导和相关部门的支持下，医院对门急诊及住院部进行了改扩建工程，使布局、流程更加合理。门诊实行电子显示屏、电子触摸屏、导医服务台、导医指示标志等导医服务，住院病房装备有中心吸引、中心吸氧和中心呼叫系统。医院的就医环境优美，诊疗条件大大改善：宽敞的候诊大厅、明亮的诊室、舒适的病房、温馨的病员活动室、现代化的急诊中心，受到患者的欢迎和好评。医院坚持深化改革，狠抓医疗服务质量，下大力气更新医疗设备，多渠道引进专业人才，使医院综合实力不断增强。同时，坚持以病人为中心，患者至上，为病人提供优质服务，其中扩大门诊输液、多层次家庭医疗服务，口腔科扩大门诊、教工体检、专家医疗保障系统等多项服务获清华大学后勤优质服务项目。医院围绕学校中心工作，提出医院工作的指导思想是：以满足全校师生员工的健康需求为中心，以提高医疗保健服务质量为核心，以为学校分忧解难为基本出发点，将厚德服务作为医院生存和发展的生命线，适应全国医疗卫生体制改革的新形势，服务于清华建设世界一流大学的总体目标。全院职工将以“三个代表”重要思想为指导，加速推进医院的发展，力争将医院建成与世界一流大学相匹配的，集医疗、保健、预防、康复为一体的现代化社区综合医院。